סקירת המערכות השנייה מתבצעת לאחר שהעובר ומערכותיו המשיכו להתפתח, ומאפשרת הערכה מפורטת של המבנה האנטומי בשלב זה של ההריון.
גם כאשר סקירת המערכות הראשונה הייתה תקינה, יש חשיבות לביצוע הסקירה השנייה. במהלך השבועות שחלפו העובר גדל, מערכותיו המשיכו להתפתח, וישנם מבנים שניתן להעריך בצורה טובה יותר בשלב זה.